人体内的微生物和人体之间在正常条件下处于相对平衡。但有许多因素都可能导致某些微生物的过量繁殖，使微生物生态系统平衡状态遭到破坏，即生态失衡，从而导致疾病的发生。
健康的人体携带的微生物的数量远远大于人体自身细胞的数量，否则不能称为健康。人的健康完全依赖于人体和微生物的平衡。正常微生物菌群对于人体的健康起着重要作用，可以说是我们保持健康，增强体质，延年益寿，防御疾病的一个重要的组成部分。
消化道是人体表层中聚集各类细菌最多的地方。细菌的群落特征和个体数量对于健康至关重要以。这一部分也是人体内体外营养和生化物质的交换场所，因此也是免疫反应的最重要的区域。
形象地说，肠道里就象一个自由集贸市场，好坏“商品”都堆积在这里，供体内选择。有时候不免有些“买卖不公”或“强加于人”的做法，这时候肠道会表现出免疫反应。
日本寄生虫研究学者藤田紘一郎教授发现，人体中带有更多的“外来户”的时候，人类的IgE（免疫球蛋白E）水平则提高很多。此刻人体会自主对所进“货物”进行严格筛选。这对人体的直接反应就是免疫力和抗过敏能力的提高，维护人类的健康状态。
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